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　ただ、関係者からは予算を切り詰めた民主党・事業仕分けと、はやぶさの成果との整合性に疑問の声が上がっていた。

　川端達夫文部科学相も１５日の閣議後の記者会見で、２３年度のはやぶさ２の開発予算を概算要求で増額する考えを示唆。２２年度の減額の経緯を「はやぶさがどうなるか若干の不安があった。結果を見ながら考えようということだった」と説明した。

　 仕分けの再検討について、科学技術開発に詳しい角南（すなみ）篤・政策研究大学院大学准教授は「予算削減の見直し自体はいいことだが、『みんながすごいと 言ったから見直す』では困る」と批判。「科学者が成果を出すには膨大な試行錯誤が伴う。成果だけで判断するのでは、科学者の挑戦への気骨、矜持（きょう じ）を踏みにじっていないか」と疑問を呈する。

　回収されたカプセルにイトカワの土壌が含まれているかはまだ分かっていないが、角南准教授は「採取できていなかったら今回の偉業は無駄なのか。国家全体で資源配分をどうするか、科学技術をどう位置づけるかという視点で科学プロジェクトを精査すべきだ」と要望している。